De forma inmediata al Golpe Militar de 1973 en Chile se inció la implementación de mecanismos de inteligencia para dar pie a la represión y persecusión política de organizaciones políticas y sociales que apoyaban el proyecto del gobierno de la Unidad Popular. Iniciandose un período de terrorismo estatal enfocado hacia la destrucción del movimiento popular de aquel período histórico, y que necesariamente se articuló al servicio de la puesta en marcha de la Dictadura y la instauración fáctica del modelo económico neoliberal.
Bajo esta lógica, el teniente coronel del ejército Manuel Contreras Sepúlveda impulsó la creación de un organismo superior al resto los organismos de intelegencia tradionales de las FF.AA y de Orden, específicamente este organismo estaría encargado de elaborar la documentación de información y represión de los partidos de izquierda. Bajo la aprobación del decreto ley de 521 le 14 de ulio de 1974 la DINA adquiere la insitucionalidad para realizar sus respectvas labores de intelgencia bajo la calidad de un organismo mlitar de gobierno de caráter técnico profesional, dependendiente directamente de la Junta de Gobierno y cuya misión será de la reunir toda a información a nivel nacional, proveniente de los diversos campos de acción, con el propósito de producir inteligencia que se requiera para toda la formación de politicas, planificación y para la adopción de medidas que procuren el resguardo de la seguridad nacional y el desarrollo del país.
Para fundamentar la existencia de este organismo, se adopto la utitlización de la doctrina de Seguridad Nacional, desde la cuál se considera que en Chile existió una guerra interna que desgarro la unidad nacional, causa inmediata de necesidad de la represión necesaria hacia individuos considerdados como enemigos del Estado y el desarrollo de las libertades individuales.
En el adiestramiento de sus agentes, Contreras contó con la ayuda de Ray Warren, jefe de la estación de la CIA en el país, quien puso a su disposición nosólo manuales técnicos y de entrenamiento, sino también personal de la Agencia.
El primer cuartel de la DINA en Santiago estuvo ubicado en la Rinconada de Maipú y su cuartel general se instaló pronto en el número 90 de la calle Marcoleta, en un local que había pertenecido a las Juventudes Comunistas y del que se apropió la dictadura.
La estructura de la DINA se configuró en 1974 en las siguientes divisiones estratégicas: Gobierno Interior, contra inteligencia, Económico y Operaciones Sicológicas. En el segundo trimestre de 1974 se agregó Operaciones Exteriores. Finalmente la estructura quedó conformada por: Operaciones, Administrativa, Logística y Documentación.
Durante en período en que funcionó 1974- 1977, el líder de dicho organismo de inteligencia clandestino Manuel Contreras, en conjunto con sus principales asesores, modificó constantemente la organización del ente represivo, acorde a necesidades operativas y con la finalidad de encubrir brigadas mas secretas y sujetos participantes de esta.
La dirección de la DINA durante su funcionamiento se mantuvo bajo Manuel Contreras. Junto con él se mantuvieron un circulo cercano de confianza; como Nélida Gutiérrez- secretaria privada-, el oficial del ejército Alejandro Burgos y Hugo Acevedo Godoy.
Sobre los integrantes del Estado Mayor se ha confirmado que dentro de sujetos que lo integraban se encuentran: Rolf Wenderoth, César Manríquez Bravo, Vianel Valdivieso, Raúl Iturriaga Neumann, Héctor Brantes Martínez, Marcelo Moren Brito, Maximiliano Ferrer Lima, Víctor Hugo Barría Barría y Germán Barriga Muñoz, todos oficiales del ejército.
La Dirección de Operaciones se creó cuando la DINA tuvo una organización definida y remplazó al Estado Mayor. En este momento, el jefe fue el teniente coronel Pedro Espinoza, quién anteriormente había sido jefe del centro de detención y tortura de Villa Grimaldi, en ese entonces denominado Cuartel Terranova.
Dentro de la dirección de Operaciones estaban el Departamento de Inteligencia Interior y el Departamento Exterior. Del Departamento de Inteligencia Interior dependían la brigada de Inteligencia Metropolitana (BIM), la Brigada de Inteligencia Regional y la Brigada de Inteligencia Ciudadana.