Manuel tenía 22 años al momento de su detención el 17 de septiembre de 1974, estaba casado, tenía un hijo de ocho meses de vida y era militante del MIR. Fue detenido en presencia de su esposa, su hijo, cuñado y hermana con quienes vivía en un departamento del Centro de Santiago. El operativo fue encabezado por Osvaldo Romo quien además de llevarse a Manuel, amenazó con llevarse detenida a su hermana, asunto que ocurriría en fecha posterior.
Su hermana recuerda algo de la vida de Manuel: “Manuel Jesús nació en Sewell. En su primer año estuvo a punto de perder la vida por una hernia muy complicada. Durante su niñez sufrió de continuas hemorragias nasales. Con los desvelos de mis padres se convirtió en un joven saludable y de gran vitalidad.
A los 22 era un joven delgado con un lindo timbre de voz. Cuando soltaba su risa clara y cantarina dejaba ver sus perfectos dientes blancos y sus inmensos ojos negros, que centelleaban como dos luceros. Desde su niñez fue inquieto, inocente, inventivo, risueño, sensible, imitador genial. Fue haciendo amigos de distintos estratos sociales. Sus rasgos de lealtad hacia ellos y de organizador de juegos infantiles aparecieron pronto, los niños lo seguían magnetizados. Manuel y yo asistimos a clases de folclor chileno, actuamos en varios actos culturales en Rancagua. Bailaba con picardía y gracia. Mostraba su desplante sin ninguna arrogancia. Después, en Santiago, en el Liceo Nª 6 Andrés Bello, ingresa a los Scouts, lo eligen jefe y recorre todo Chile conmigo y sus amigos. Desde 1965 comenzó a participar en actividades más apasionantes y significativas. Era el período de las huelgas estudiantiles por el mejoramiento de la enseñanza, el precio de los pasajes, etc. Manuel participa activamente destacándose por sus dotes de orador, su capacidad polémica, su capacidad de organización y su magnetismo personal.
Por esos años se comenzó a intensificar la actividad política en todo el país, se protestaba contra la guerra de Vietnam, se habían derrotado gobiernos progresistas en Latinoamérica y la Revolución Cubana había triunfado. Se discutía sobre el compromiso social, de la unidad de trabajadores y estudiantes y la de los pueblos, y Manuel no fue ajeno a todo esto. Leía todos los días hasta las dos de la mañana, en la micro o donde estuviera. Así fue profundizando su pensamiento económico, sociológico y político, el cual convirtió en trabajo práctico organizando el FER (Frente de Estudiantes Revolucionarios) en el Liceo.
En 1971 comenzó a estudiar sociología en la Universidad de Concepción donde participó activamente ayudando en campañas alfabetizadoras. Cuando la mamá le preguntó cuál era el beneficio que sacaba, él le respondió “que el beneficio nunca lo podrían recibir quienes nunca habían tenido una causa que abrazar, porque el hombre solo se superaba luchando y que nunca se había escrito una gran historia de un cobarde”.
Luego de su desaparición, su familia interpuso varias querellas judiciales sin obtener resultado alguno. El 30 de septiembre de 1974, se interpuso una denuncia por secuestro, iniciándose en el Tercer Juzgado del Crimen de Santiago. El ministerio del interior y la Secretaría Nacional de Detenidos informaron no tener antecedentes del afectado, por lo que esta querella queda archivada en 1975. El 20 de septiembre de 1974 se había presentado un recurso de amparo que también fue desestimado ya que no existían antecedentes del secuestro de Manuel. El 14 de agosto de 1975, el padre de la victima, interpuso una querella criminal por el delito de secuestro, ante el Tercer Juzgado del Crimen, incorporando los antecedentes de las publicaciones extranjeras que publican una nómina de los 119, en la cual figura Manuel Jesús.
Sin que se realizaran diligencias durante cuatro años, el 20 de noviembre de 1989, el Teniente Coronel de Ejército Enrique Ibarra Chamorro , Fiscal General Militar, solicitó para esta causa la aplicación del Decreto Ley de Amnistía porque el proceso había tenido como finalidad exclusiva la investigación de presuntos delitos ocurridos durante el período comprendido entre el 11 de septiembre de 1973 y el 10 de marzo de 1978 y porque durante los 10 años de tramitación, no se había logrado –determinar responsabilidad de persona alguna-. El 30 de noviembre de 1989, la solicitud fue acogida por el 2do Juzgado Militar, el que sobreseyó total y definidamente la causa –la que aún no se encontraba en etapa de sumario por “encontrarse extinguida la responsabilidad penal de las personas presuntamente inculpadas en los hechos denunciados”-. Las partes querellantes apelaron a dicha resolución a la Corte Marcial, la que confirmó el fallo en enero de 1992.
El 14 de Noviembre de 2003, la Corte de Apelaciones dejó sin efecto el sobreseimiento de las causas y remitió el proceso al ministro Alejandro Solís quien dictó sentencia a Manuel Contreras y otros agentes de la DINA implicados en el secuestro y detención de Manuel y otros compañeros miristas desaparecidos en la operación Colombo. En Enero de 2005, se cumplió la sentencia del tribunal, al ser llevados los inculpados al Penal Cordillera, terminando así con la impunidad en el caso Manuel.