Una de las acciones que tomaron los compañeros durante la clandestinidad, fue mantener una agencia de noticias. El 13 de septiembre, después de la detención de Víctor Martínez, quien también participaba en dicha instancia, José fue detenido en su casa por agentes de la DINA, sin mostrar alguna orden de allanamiento y detención- irrumpieron en el hogar ubicado en el centro de Santiago.
En ese lugar residía Elba de las Mercedes Pinto López, su hijo Alejandro Méndez Pinto y la cónyuge de este último. También vivían allí 2 jóvenes a los que doña Elba Pinto conocía como Jaime Castro Cofré (que luego resultó ser José Hipólito Segundo Jara Castro) y Víctor Alfonso Martínez, ambos amigos de su hijo Alejandro y compañeros de estudio en a la Universidad de Concepción.
Posteriormente al interrogatorio realizado a los integrantes del hogar ingresaron a Víctor Martínez, quien mostraba múltiples hematomas, además de la dificultad para caminar, producto de las horas que paso con las manos atadas. Probablemente este allanamiento tenía que ver con la agencia clandestina y con posibles armas que se encontrarían en el lugar. En aquella instancia los agentes de la DINA, se llevaron a Elba Pinto y a su hijo Alejandro hacia una casa que los detenidos no lograron identificar posteriormente.
Allí vivenciaron fuertes interrogatorios y luego fueron puesto en libertad, sin mayor explicación
Por su parte José Castro fue llevado a la casa de Nelly Noriega ubicado en la calle Tenderini en Santiago Centro. La vinculación de ambos nace a partir de que Nelly colaboraba en la red de edición del periódico clandestino en el cuál participa José Hipólito Jara. En el allanamiento al departamento no se encontraron el material periodístico clandestino que buscaba la DINA, a pesar de esto, Nelly fue detenida y junto José Hipólito Jara fueron llevados al Cuartel Ollagüe.
En el cuartel Ollague ambos fueron constantemente careados, en donde mantuvieron su versión de que Nelly ayudada en completo desconocimiento la producción del periódico clandestino, siendo esta muestra de compañerismo la que le permitió a Nelly continuar con vida y contar esta historia. Según la misma, asegura haber visto en este momento a José Hipólito Jara en lamentables condiciones de salud.
A partir del testimonio de Helios Figuerola Pujol, también ex detenido, se desprende que entre el 4 y el 9 octubre de 1974 llegaron a la pieza 9 del recinto de incomunicados de 4 Álamos; Mario Eduardo Calderón Tapia, Aldo Pérez Vargas y José Hipólito Jara Castro, con quien compartió la misma pieza hasta la madrugada de un día de la segunda semana de noviembre, en que personal de la DINA llega a sacar de allí a Calderón, Pérez y Jara.
Desde aquel momento se pierde su rastro.
Proceso judicial: Caso de los 119.